Геоморфологическая комиссия РАН создана в конце 1958 г. при Отделении геолого-географических наук АН СССР как межведомственная научная организация, призванная содействовать развитию теоретических, методических и практических исследований в области геоморфологии и неотектоники в СССР. Это явилось отражением всё возрастающей роли геоморфологических исследований в общем комплексе работ по изучению Земли, всё более широкого и глубокого проникновения геоморфологических методов исследования в сопредельные науки геологического и географического цикла, особенно в области приложения этих методов к решению геолого-поисковых, инженерно-геологических и агромелиоративных задач. Создание ГК способствовало бурному развитию новой геоморфологии в нашей стране и совпало с активизацией геоморфологических исследований за рубежом.

Следует также отметить всё возрастающую роль геоморфологии в исследованиях наук о Земле как в Советском Союзе, так и за его пределами в течение первой и особенно второй половины XX века. Начиная с 30-х годов изучением рельефа и формирующих его процессов активно стали заниматься геологи, географы, почвоведы, специалисты других направлений. Примечательно, что на 1 (1947) и 2 (1955) съездах Географического общества СССР геоморфологическая тематика также доминировала. В 30-е – 60-е годы она была широко представлена в тематике публикаций ведущих периодических географических изданий, например: «Известия АН СССР, серия географическая, «Известия ВГО», сборниках «Вопросы географии».
Академическая ГК возникла в нужное время и в нужном месте, вобрав лучшее из опыта работы академических институтов, в частности института географии АН СССР, геологических организаций Мингео СССР во главе с ВСЕГЕИ и крупных университетов. До ее создания успешно функционировали и продолжают до сих пор Геоморфологические комиссии в Географическом обществе – с 1928 г. в центральной его организации в Ленинграде (Санкт-Петербурге) и с 1946 г. – в Москве, в его Московском филиале/центре/отделении.

Приоритетные направления, рассматриваемые на пленумах ГК в 60-х – 70-х годах: проблемы поверхностей выравнивания, палеогеоморфология, структурная геоморфология и неотектоника. Они отражали, с одной стороны, внутренние процессы, происходившие в то время в геоморфологической науке, а с другой стороны, – «внешнее» влияние, которое оказывали запросы практики и смежники (геологи, тектонисты, геофизики), с которыми на эти запросы приходилось откликаться.

Начиная с 1960 года, ГК регулярно проводит свои расширенные пленумы – Всесоюзные и Всероссийские конференции по проблемам геоморфологической науки. Всего было проведено 32 пленума. Наряду с пленумами ГК, неоднократно проводились региональные и методические совещания геоморфологов и неотектонистов, объединенных в Межведомственные региональные комиссии, являющиеся рабочими органами ГК (Урало-Поволжская, Сибирская, Среднеазиатская, Прибалтийская и др. комиссии). Комиссия провела несколько Международных симпозиумов.

Важное место в работе ГК в это время было отведено также проблемам геоморфологического картографирования. В её рамках было подготовлено и осуществлено несколько крупных проектов, в том числе разработки и издания карт поверхностей выравнивания и кор выветривания СССР, новейшей тектоники СССР и Европы, современных вертикальных движений земной коры Восточной Европы (всё в масштабе 1: 2 500 000).

Процессам экзогенного рельефообразования в первые два десятилетия работы ГК уделяла меньше внимания, хотя им были посвящены несколько специальных пленумов, а также уделено разностороннее внимание в ходе совещаний иной тематики.
Важной вехой в развитии отечественной геоморфологии было появление академического журнала «Геоморфология» для организации которого ГК приложила много сил. Он стал выходить с регулярностью 4 раза в год, начиная с 1970 года.

В 80-е годы ГК продолжила работу в намеченных ранее направлениях. Результатом её совместной деятельности с ведущими академическими учреждениями и производственными организациями явилось составление и издание в 1987 г. новой геоморфологической карты СССР масштаба 1:2 500 000 и пятитомной монографии «Геоморфология СССР», опубликованной в 1983 г.

Обсуждение основных направлений развития общей теории геоморфологической науки и развернувшаяся в его ходе научная дискуссия осветила четыре основные направления геоморфологической теории: морфоструктурный анализ, применение системного анализа в геоморфологии, морфоструктурное и общее геоморфологическое моделирование.

Вместе с тем в 80-е годы произошло постепенное смещение центра внимания на проблемы геоморфологической корреляции, на новые методы изучения рельефа и формирующих его процессов, особенно в связи с проблемами сохранности окружающей среды и рационального природопользования.

На работе ГК сказались негативные процессы, связанные с распадом СССР. В 90-х годах количество участников Пленумов заметно снизилось. Однако это не сказалось на высоком научном уровне Пленумов и на развитии геоморфологии в стране. Сохранились и продолжали активно работать традиционные геоморфологические центры в Москве, Санкт-Петербурге, Казани и Иркутске, появились новые центры в Волгограде, Краснодаре, Белгороде, Барнауле, Томске и других городах.

Вместе с тем наметился определённый возврат интереса к общим проблемам геоморфологии, критического переосмысления пройденного пути – вкупе с поиском новых подходов и методов в связи с прогрессом техники дистанционного зондирования и компьютерных технологий, применение которых уже привело к несомненному прорыву в других науках о Земле и имеет хорошие перспективы в геоморфологическом моделировании и картографировании. Продолжилось оформление и дальнейшее развитие ряда новых направлений – экологической, эстетической, рекреационной и аридной геоморфологии.

В первом десятилетии XXI века наметился крен геоморфологии в сторону экзогенного рельефообразования, исследования в области которого зачастую шли под флагом геоэкологии и оценки влияния деятельности человека на окружающую среду. Наметились перспективы разработки новых методологических направлений, таких, как самоорганизация и динамика геоморфосистем, выделение геоморфологических режимов и др.