Научный архив Института — это история его работы и жизни сотрудников за 100 лет.

Первые упоминания об архиве относятся к 1938 г., когда был издан Приказ по Институту о сдаче отчетов, карт, неизданных статей, монографий, рукописей в архив. Сначала архив находился при отделе кадров, ф с 1957 г. стал самостоятельным структурным подразделением, которое возглавил научный сотрудник с высшим историко-архивным образованием.

Материалы научного архива включают документы с 1938 по 2015 годы. Это рукописные научные работы, диссертации, экспедиционные и тематические отчеты, оригинальные картографические произведения, первичные научные материалы, документы по личному составу, документы научно-организационного характера и финансово-бухгалтерские дела. 

Архив ведет книги учета, описи, исторические справки, указатели, каталоги. рукописи учитываются в 4-х картотеках (региональный, систематической, алфавитной, диссертационной). С 1964 г. создаются «Библиографический указатель с содержанием диссертаций», защищенных в Институте с 1940 г.

Наш Архив — участник 12 выпусков общеакадемического серийного издания по документам архивов Архива РАН.

Наш Архив — участник выставки в музее Вооруженных сил России, посвященной 75-летию победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.

Научно-организационные материалы архива за 1938-1996 гг. внесены в базу данных «Тайпер» Центрального Архива РАН.